Препарат применяют при воспалительных заболеваниях кишечника, включая легкую и среднетяжелую болезнь Крона, а также при коллагенозном колите. Будесонид действует в основном локально в кишечнике и помогает уменьшать воспаление, при этом меньше влияет на организм в целом. Не используют при циррозе печени и до 18 лет.